制藥用凍干機已經廣泛應用于化工制藥、醫藥、生物制品、活性物質等各大領域，其應用規模還在不斷快速擴大，凍干技術成為21世紀的重要應用技術。
（1）在生物制品方面的應用
a.活菌菌苗。例如卡介苗、流腦菌苗、結核菌苗、口服痢疾活菌苗、沙門氏菌、鏈球菌等。
b.火毒疫苗。例如麻疹疫苗、流感疫苗、狂犬疫苗、雞瘟疫苗等。
c.其它生物制品、生化藥品。例如乙肝表面抗原診斷雪球、人白細胞干擾素、*酶A（CoA）、三磷酸腺苷（ATP）、尿激酶等。
（2）在西藥生產中的應用
多為針劑，以抗生素藥、循環器官用藥、中樞神經用藥、維生素類和腫瘤藥物為多。例如氨芐青霉素、利菌沙(琥乙紅霉素片)等。
（3）在中藥生產中的應用
近幾年開始用凍干法加工中成藥，將配制好的中成藥，經過浸漬、提取、過濾、濃縮、凍干后再制成粉劑、片、丸或針劑。
（4）醫療方面的應用
利用凍干技術可以長期保存血液、動脈、骨骼、皮膚、角膜和神經組織等各種器官。凍干時細胞未被破壞，復水后生物體又能復活。例如凍干骨骼可以儲存在室溫或冰箱內長達2年。
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